La educación superior ha llevado a cabo una fuerte evaluación de calidad, que categorizó en cinco niveles en un ámbito general de evaluación a las 68 universidades dedicadas a carreras de tercer nivel principalmente, que determinó los reconocimientos y deficiencias de cada institución. Solo 11 lograron la categoría A y 26 quedaron colocadas en categoría E. Bajo una política educativa, leyes y normas que ha dado a todas plazos cortos de reestructuración académica. En abril de 2012 se procedió con la primera etapa de depuración universitaria que suspendió a 14 universidades por no contar con exigencias mínimas y básicas para continuar funcionando después de tres años de su notificación. Ocho quedaron con fuertes limitaciones y sanciones. Tres quedaron elevadas a una categoría D y una quedó pendiente debido a que se trataba de una educación diferente y de mayor estudio. En la actualidad existen 54 universidades y escuelas politécnicas entre públicas y privadas, y tres universidades exclusivas de educación de cuarto nivel. En 2013 se evaluará nuevamente a todas las universidades con mayor nivel de exigencia y minuciosidad, esta vez hasta el nivel de carrera por carrera, con lo que se determinará la permanencia de dichas universidades y de cada una de sus carreras profesionales. En este caso, el organismo encargado de manejar aspectos de protección y contingencia ante las determinaciones de las evaluaciones, entre otros, es el Centro de Educación Superior (CES).
Al finalizar esta evaluación total y profunda se espera por el Estado ecuatoriano solamente dejar en funcionamiento a universidades de categoría A con carreras de categoría A con alto nivel académico con miras a ser todas validadas a nivel internacional. Por el momento, según esta clasificación, tres instituciones de educación superior con oferta de pregrado y postgrado obtuvieron la categoría A, siendo las mejores del país (ver Evaluación CEAACES 2013): Escuela Politécnica Nacional, Escuela Superior Politécnica del Litoral yUniversidad San Francisco de Quito, adicionalmente dos instituciones de educación superior con oferta de postgrado también obtuvieron la categoría A: Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, Universidad Andina Simón Bolívar. Del mismo modo se halla ya en marcha una evaluación igual a todos los Institutos Superiores y en septiembre de 2012 se iniciaron las evaluaciones a las Unidades Educativas en todos los niveles con el mismo trato y determinaciones.
Otro aspecto clave ha sido el aumento por miles de becas y créditos, así como la amplitud a nuevos créditos a áreas claves de desarrollo, tanto para carreras de pregrado como posgrado, dentro y fuera del país, así como la convalidación de títulos extranjeros de manera ágil, con bajos costos de tramitación ayudado por el reconocimiento en ciertos casos directo de los títulos emitidos por varias centenas de universidades extranjeras. Por último, cabe destacar la creación de la Universidad Pedagógica en Azogues, la Universidad de Bellas Artes en Guayaquil, la Universidad Regional Amazónica en el Tena y la Universidad de Investigación Ciencia y Tecnología del Ecuador en Imbabura.
Actualmente el método de asignación de cupos en las diferentes carreras por institución educativa superior establece un examen general de aptitud a todos los postulantes sin límite de edad ni intentos, donde seleccionan en una jerarquía de 10 preferencias, la carrera y la universidad en la que desearían estudiar, después de obtener un puntaje, la lista se depura a fin de mostrar si el estudiante obtuvo el mínimo requerido exigido por cada universidad para la carrera que eligió, los mayores puntajes89 calificados como sobresalientes obtienen becas ilimitadas por el Estado ecuatoriano para cualquier carrera en cualquier universidad (siempre que esta universidad también lo apruebe) a nivel mundial con la condición y garantía de regresar al país una vez terminada su carrera. Los demás que alcanzan los puntajes de su listado se les asigna el cupo previa consulta al estudiante, y quienes no alcanzaron a ninguno de los cupos de su listado, se les asigna cupos de acuerdo a las aptitudes que la evaluación psicológica arrojó pues obviamente no concordaban con las aspiraciones que inicialmente pensó seguir, preguntándole, dándole la opción al estudiante de aceptar alguno de dichos cupos o esperar a la siguiente evaluación para con mejor preparación aprobar su aspiración.
A partir de 2013 se implementan la creación de 40 institutos técnicos y tecnológicos superiores públicos de calidad a fin de agrandar la oferta académica y complementarla a la demanda nacional y aliviar la saturación de ciertas ofertas profesionales a las que se aplicara el mismo método de asignación de cupos que el de las universidades y escuelas politécnicas. Todas estas instituciones serán sometidas periódicamente a evaluaciones internacionales a fin de garantizar su calidad y depurarlas académicamente.
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